นสพ.ไทยโพสต์ รายงานว่า เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม 2551 เมื่อเวลา 15.00 น.ตำรวจศูนย์สืบสวน กองบัญชาการตำรวจนครบาล นำโดยพ.ต.อ.ปรีชา  ธิมามนตรี หัวหน้าศูนย์ฯ ได้เข้าจับกุมนายไชยวัฒน์  สินสุวงศ์  แกนนำพันธมิตรฯตามหมายจับของศาลอาญาข้อหากบฏ ที่บริเวณด่านจ่ายเงินพระรามที่ 6 ของทางด่วนฯ และได้นำตัวไปสอบสวนที่ กองบังคับการ ตำรวจตระเวนชายแดนภาค 1 จังหวัดปทุมธานี

นายสุริยะใส  กตะศิลา ผู้ประสานงานพันธมิตรฯ กล่าวว่า เบื้องต้นแกนนำพันธมิตรฯ ได้มอบหมายให้ทีมทนายความ นำโดยนายนิติธร  ล้ำเหลือไปติดต่อ เพื่อเจรจากับทางเจ้าหน้าที่ เพราะปัญหาเรื่องการออกหมายจับข้อหากบฏครั้งนี้ ยังไม่ได้ข้อยุติว่าชอบธรรมหรือไม่  เพราะทางผู้ต้องหาทั้ง 9 ได้ยื่นอุทธรณ์เพื่อให้เพิกถอนหมายจับ และศาลอุทธรณ์กำลังไต่สวนว่า หมายจับชอบด้วยกฎหมายและรัฐธรรมนูญหรือไม่ ซึ่งคาดว่าสัปดาห์หน้าศาลอุทธรณ์จะอ่านคำสั่ง

" ในระหว่างนี้ ตำรวจจึงไม่มีอำนาจจับกุมผู้ต้องหาตามหมายจับ เพราะต้องรอศาลอ่านคำสั่งก่อนว่า หมายจับชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ การดำเนินการของเจ้าหน้าที่ครั้งนี้ จึงถือเป็นการปฏิบัติโดยมิชอบ ซึ่งตำรวจจะต้องรับผิดชอบอย่างแน่นอน และถ้าไม่ได้รับไฟเขียวจากฝ่ายการเมือง ตำรวจคงไม่กล้าจับกุม"

ผู้ประสานงานพันธมิตรฯ ยังบอกว่า เหตุการณ์ครั้งนี้ยอมรับว่า ทำลายบรรยากาศของการสมานฉันท์อย่างรุนแรง  เพราะสังคมกำลังคาดหวังผลการเจรจา ระหว่างแกนนำพันธมิตรฯ กับ พล.อ.ชวลิต  ยงใจยุทธ  รองนายกฯซึ่งที่ผ่านมา ยอมรับว่าการพูดคุยเป็นไปด้วยดีพอสมควร 

แบบนี้ต้องถือว่า กระทบกับการเจรจาหรืออาจถึงขั้นสะดุดหยุดลงได้ในที่สุด เพราะรัฐบาลไม่ได้จริงใจสมานฉันท์ ตีสองหน้า ปากบอกว่าจะสมานฉันท์ แต่ลับหลังก็ใช้อำนาจรัฐ รังแกประชาชนที่ออกมาเคลื่อนไหว โดยใช้สิทธิตามรัฐธรรมนูญ ซึ่งถือเป็นนโยบายสมานฉันท์จอมปลอม

" อาจเป็นไปได้ที่การจับกุมครั้งนี้ เป็นเกมการเมืองในรัฐบาลนอมินี เพื่อตบหน้า พล.อ.ชวลิต ยงใจยุทธ   ซึ่งหากเจรจากับพันธมิตรฯสำเร็จ บทบาทของ พล.อ.ชวลิตจะโดดเด่นขึ้นทันที " นายสุริยะใสกล่าวและว่า คงมีประชาชนจำนวนมาก ทยอยไปเยี่ยมนายไชยวัฒน์ ซึ่งตำรวจก็ต้องรับมือเอาเอง

กรุงเทพธุรกิจ ออนไลน์ รายงานว่า เมื่อวันที่ 4 ตุลาคม 2551 เวลา 14.00 น. ศาลอาญา รัชดา ใช้เวลานานกว่า 5 ชั่วโมงในการไต่สวนและพิจารณาคำร้องปล่อยตัวตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา มาตรา 90 และขอให้ศาลเพิกถอนหมายจับในข้อหากบฏ ซึ่งนายสุวัตรอภัยภักดิ์ ทนายความได้ยื่นและเบิกความสรุปว่า เจ้าพนักงานตำรวจดำเนินการจับกุมนายไชยวัฒน์ สินสุวงศ์  1 ใน 9 แกนนำกลุ่มพันธมิตรฯโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย เพราะคดีอยู่ระหว่างการพิจารณาของศาลอุทธรณ์ จึงถือว่าหมายจับสิ้นสภาพชั่วคราว

ศาลได้พิเคราะห์แล้วเห็นว่า พนักงานสอบสวน มีอำนาจดำเนินการยื่นคำร้องขอฝากขังผู้ต้องหา เพื่อสอบสวนผู้ต้องหาต่อศาลได้ คำค้านของผู้ต้องหาฟังไม่ขึ้น เพราะเมื่อยังไม่มีคำสั่งของศาลอุทธรณ์ออกมาเปลี่ยนแปลง หมายจับก็ยังสามารถใช้บังคับได้ ศาลอนุญาตให้ฝากขังผู้ต้องหาเป็นเวลา 12 วัน พร้อมทั้งเร่งรัดพนักงานสอบสวนให้เร่งสอบปากคำผู้ต้องหาและพยานที่เหลืออีก 200 ปากให้เสร็จสิ้นโดยเร็ว

นายไชยวัฒน์ กล่าวภายหลังฟังคำสั่งศาลว่า วันนี้จะไม่ใช้สิทธิ์ในการยื่นขอประกันตัว โดยจะรอดูท่าทีในวันจันทร์ที่ 6 ต.ค.นี้ัเพราะศาลอาญานัดฟังคำสั่ง กรณีได้ยื่นคำร้องขอเพิกถอนหมายจับในข้อหากบฏ ในเวลา 14.00 น.จากนั้นเจ้าหน้าที่ราชทัณฑ์ ได้ควบคุมตัวนายไชยวัฒน์ ขึ้นรถของเรือนจำไปควบคุมไว้ที่เรือนจำพิเศษกรุงเทพมหานคร

เนชั่นรายงานว่า ศาลอาญา ยกคำร้อง "ไชยวัฒน์" ขอให้ปล่อยตัว

วันที่ 6 ต.ค. 2551 เวลา 15.00 น. ที่ห้องพิจารณา 701 ศาลได้อ่านคำสั่งคำร้องของนายไชยวัฒน์ สินสุวงศ์ ขอให้ศาลปล่อยตัว เนื่องจากถูกคุมขังโดยมิชอบตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา ม.90 ตามหมายจับของศาลอาญา ที่ 2521/2551 และถูกพนักงานสอบสวนนำตัวมายื่นคำร้องขอฝากขังครั้งแรกเมื่อวันที่ 4 ต.ค.ที่ผ่านมา

เนื่องจากนายไชยวัฒน์ ผู้ต้องหา เห็นว่า ขณะนี้กลุ่มพันธมิตรฯ ผู้ต้องหาที่ 1-9 ได้ยื่นคำอุทธรณ์ขอเพิกถอนหมายจับต่อศาลอุทธรณ์ และศาลอุทธรณ์ได้รับคำอุทธรณ์ไว้แล้ว โดยอยู่ระหว่างการพิจารณา การที่เจ้าหน้าที่ตำรวจนำหมายจับดังกล่าวมาจับกุม จึงเป็นการจับกุมโดยมิชอบ

ศาลพิเคราะห์แล้วเห็นว่า แม้ว่านายไชยวัฒน์ผู้ต้องหา จะอ้างว่าศาลอุทธรณ์รับคำอุทธรณ์ขอเพิกถอนหมายจับไว้แล้ว จึงเป็นเหตุให้หมายจับไม่สามารถนำมาใช้ได้เป็นการชั่วคราว แต่เมื่อขณะนี้ ศาลอุทธรณ์ยังไม่มีคำสั่งเปลี่ยนแปลงเรื่องหมายจับเป็นอย่างอื่นและยังไม่มีคำวินิจฉัยว่าจะให้เพิกถอนหมายจับ หรือไม่ ดังนั้นจึงทำให้หมายจับของศาลอาญายังคงมีผลบังคับใช้อยู่ต่อไป คำร้องของผู้ต้องหาจึงไม่มีมูล ให้ยกคำร้อง

เมื่อศาลอาญามีคำสั่งยกคำร้องขอให้ปล่อยตัว นายไชยวัฒน์ ผู้ต้องหาที่ 7 ในคดีกบฏ ได้ถูกนำตัวไปคุมขังที่เรือนจำพิเศษกรุงเทพต่อไป จนกว่าจะมีการยื่นคำร้องขอประกันและศาลอนุญาตให้ประกันตัวในชั้นฝากขัง โดยในวันนี้นายไชยวัฒน์สวมชุดนักโทษสีน้ำตาล สวมกางเกงขาสั้น ขณะเดินเข้าห้องพิจารณาคดี 701 เพื่อฟังคำสั่ง